Vysvětleno: Jak funguje test na koronavirus (COVID-19).
Jak test PCR hledá virus ve vzorcích výtěru? Jak dlouho to trvá? Kolik vzorků testuje Indie denně a může testovat více? Pokud může, proč se ještě nezvětšil?
Indie v současné době provádí dvoustupňovou PCR v reálném čase k testování SARS-COV-2. (Reuters) Jaký je diagnostický test na nový koronavirus, který způsobuje COVID-19?
The Indická rada lékařského výzkumu (ICMR) uvedla, že určené laboratoře bude používat konvenční test polymerázové řetězové reakce (PCR) v reálném čase, který se provádí na výtěru odebraném ze zadní části krku, kapalném vzorku z dolních cest dýchacích nebo jednoduchém vzorku slin. Takové testy se běžně používají při detekci viru chřipky A, chřipky B a H1N1.
Co je to PCR test?
Využívá techniku, která vytváří kopie segmentu DNA. „Polymeráza“ označuje enzymy, které vytvářejí kopie DNA. „Řetězová reakce“ je způsob, jakým se fragmenty DNA kopírují exponenciálně – jeden se zkopíruje do dvou, dva se zkopírují do čtyř a tak dále. Kary Mullis, americký biochemik, který vynalezl techniku PCR, získal v roce 1993 Nobelovu cenu za chemii.
SARS-COV-2 je však virus vyrobený z RNA, kterou je třeba přeměnit na DNA. K tomu tato technika zahrnuje proces zvaný reverzní transkripce. Enzym „reverzní transkriptáza“ převádí RNA na DNA. Poté jsou vytvořeny a amplifikovány kopie DNA. Fluorescenční barvivo vázající DNA nazývané sonda ukazuje přítomnost viru. Test také odlišuje SARS-COV-2 od jiných virů.
Jak dlouho trvá proces PCR?
PCR v reálném čase zkrátily čas potřebný k testování vzorků na 4,5 hodiny z přibližně 6 hodin dříve, řekl vědec ICMR Dr R R Gangakhedkar. Celková doba obratu – od doby, kdy jsou vzorky odebrány do doručení zprávy – je však kolem 24 hodin a měla by být kratší, řekl.
Vysvětleno: Pět kroků k odhalení koronaviru
Jak probíhá test v Indii?
Indie v současné době provádí dvoustupňovou PCR v reálném čase k testování SARS-COV-2, řekl NIMHANS senior profesor a vedoucí neurovirologie, Dr. V Ravi. První fáze je navržena tak, aby detekovala genetické prvky společné lidským koronavirům, které mohou ve vzorku existovat. Druhá fáze je určena k testování na specifické geny přítomné pouze ve viru SARS-COV-2.
Do začátku března bude počáteční screening test na kontrolu jakéhokoli typu koronaviru provedly všechny laboratoře, ale potvrzující PCR provedl pouze Národní virologický ústav v Pune. Poté NIV Pune přenesla technologii (reagencie potřebné pro potvrzení) do všech laboratoří, takže nebylo nutné, aby vzorek putoval až do Pune. To zkrátilo čas potřebný k testování vzorků, řekl Dr. Ravi.
Testování na koronavirus: Na tomto obrázku pořízeném 17. března 2020 je ve zkumavkách označených koronavirem (COVID-19) vidět falešná krev. (Ilustrace Reuters: Dado RuvicO Testuje Indie dostatečná čísla?
Indie má kapacitu testovat 10 000 vzorků denně a v současnosti testuje kolem 600–700. Pro srovnání, Jižní Korea, která má podobnou dobu obratu, údajně testuje až 20 000 vzorků denně, zejména s použitím modelů, jako jsou její testovací zařízení pro projížďky.
Vláda tvrdí, že v této fázi není nutné testovat každého člověka. Země testuje kohortu, kterou nyní potřebuje otestovat, řekl Dr. Gangakhedkar. Pokud půjdete lokalizovaným přenosem, testujeme dost. Pokud věříte, že existuje komunitní přenos, pak je to jiný problém. Stále neexistuje žádný důkaz, že bychom nevěděli, jak indexový případ získal tuto infekci, řekl.
Express Explained je nyní na telegramu. Klikněte zde, abyste se připojili k našemu kanálu (@ieexplained) a zůstaňte informováni o nejnovějších
Nechceme provádět žádné nevybíravé testování, protože nyní každý o test žádá. Takže někde to budeme muset racionalizovat... ale je také důležité dávat pozor, abychom nezmeškali komunitní přenos, řekla minulý týden na tiskové konferenci Dr. Nivedita Guptaová z ICMR.
Jaká bude strategie, pokud dojde k komunitnímu přenosu?
ICMR provádí dohled nad jakýmkoli důkazem přenosu v komunitě, přičemž každá z 52 indických testovacích laboratoří testuje 20 náhodných vzorků pacientů s těžkou akutní respirační infekcí (SARI). Očekává se, že ‚první sestřih‘ těchto testů bude ve středu. ICMR uvedl, že v případě, že se z těchto sledovacích testů odhalí případ komunitního přenosu, budou vládní strategie zcela odlišné.
Pandemie koronaviru: V nemocnici v New Delhi. (PTI Photo/File) Existují překážky, které brání rozšíření testování?
Náklady jsou potenciální bariérou, cítí někteří odborníci. Představitelé ICMR na konferenci uvedli, že náklady na primární test na COVID-19 jsou 1 500 Rs. Pokud má být proveden druhý test k potvrzení výsledků prvního testu, celkové náklady se pohybují kolem 5 000 Rs. Jeden z úředníků také uvedl, že limitujícím faktorem jsou použité sondy, které jsou dováženy z Německa.
Zatímco se zvýšil počet testovacích center, vzrostl také dovoz sond. Minulý týden chtěla Indie dovézt kolem 200 000 sond, zatímco v pondělí doktor Gangakhedkar řekl, že vláda plánuje dovézt kolem milionu.
Pandemie koronaviru: Kdy testovat a koho
Mohla by Indie dělat věci jinak?
To, co Indie začala dělat, je přesně to, co bylo doporučeno pro zemi, kam byla nemoc dovezena, podle výkonného ředitele indického institutu Translational Health Science and Technology Institute, doktora Gagandeepa Kanga. Nicméně testování a sledování osob přicházejících do země a sledování těch, s nimiž přišli do kontaktu, je racionální a vhodný přístup, pokud jediným rizikem bylo zavlečení choroby a sledování a testování bylo 100 %, ona řekla.
Ale co se může stát, je to, že s touto infekcí můžete vylévat ještě dříve, než se u vás rozvinou příznaky, a u velmi málo lidí nemusíte mít příznaky nikdy, takže byste ji mohli přenášet na další lidi, aniž byste věděli, že jste nakažení, řekla. Tento druh složitosti… vyžaduje, abyste přemýšleli o záložní strategii, abyste zjistili, zda jste skutečně něco nepřehlédli, řekla. Je toho víc, co bychom mohli dělat.
Pomůže dohled ICMR?
Rozhodnutí ICMR je dobrý krok, ale existují oblasti, které by takové cvičení vynechalo, řekl Dr. Kang. Pokud každý týden testujete vzorky z každé chřipkové laboratoře, pak pokud najdete byť jen jeden pozitivní, řekne vám to, že jste toho hodně zameškali, řekla.
Podle Dr. Kanga je možné použít matematické modelování k pochopení toho, co by vládě dalo rozumnou šanci identifikovat, zda již existuje nějaký komunitní přenos. Myslím, že by bylo skvělé mít takový model, jaký má Singapur, kde kdekoli lékař, který měl klinické podezření, i když to neodpovídalo popisu, mohl poslat svého pacienta na test, dodala.
– Vstupy od Kaunainského šerifa M
Sdílej Se Svými Přáteli:
