Vysvětleno: Pět kroků k detekci koronaviru (COVID-19)

Tento proces vysvětlil deníku The Indian Express Dr. V Ravi, hlavní profesor a vedoucí, Neurovirologická klinika, NIMHANS.

Falešná krev je vidět ve zkumavkách označených koronavirem (COVID-19) na tomto obrázku pořízeném 17. března 2020. (Reuters)

Dr V Ravi, hlavní profesor a přednosta Neurovirologického oddělení, NIMHANS, vysvětluje proces detekce koronaviru. tento web . Zde je pět kroků:

Sběr a doprava

Testovací centrum odebírá výtěry z nosních dutin a zadní části krku (hltanu) a umístí vzorky do virového transportního média, které obsahuje vyvážené soli a albumin, aby se zabránilo rozpadu viru. Vzorek je poté transportován v chladírně do testovací laboratoře.

Extrakce virové RNA

Koronaviry jako SARS-CoV (který se objevil v Číně v letech 2002-03), MERS-CoV (který se objevil v Saúdské Arábii v roce 2012) nebo současný SARS-CoV-2, který způsobil pandemii COVID-19, mají velké jednovláknové RNA genomy. Testovací laboratoř extrahuje RNA ze vzorků pomocí komerčně dostupných souprav (jako jsou sady vyrobené společnostmi jako QIAGEN.)

Vložení RNA do směsi PCR

Extrahovaná RNA se přidá do směsi polymerázové řetězové reakce (PCR). To zahrnuje „master mix“, který obsahuje enzym „reverzní transkriptázy“, který přeměňuje RNA na DNA. Master mix obsahuje Taq polymerázu, enzym, který vytváří kopie DNA, nukleotidy a další prvky, jako je hořčík – jehož iont je potřebný k amplifikaci DNA.

Směs PCR také obsahuje „reagencie“, jako jsou „primery“ a „sondy“. Primery jsou konkrétní řetězce DNA, které jsou navrženy tak, aby se navázaly na DNA, která má být zkopírována; sondy se používají k detekci specifické sekvence ve vzorku DNA. WHO doporučila specifické primery a sondy pro testování na COVID-19.

Nakonec se směs PCR skládá z provozního genu – normálního lidského genu (RNáza P), který se používá k zajištění toho, že vzorky byly správně odebrány a extrahována RNA.

AmPlifikace virové DNA

Vzorek ve své PCR směsi je vložen do zkumavek nebo destiček, které jsou poté vloženy do termocykleru, který se používá k provádění procesu PCR.

Nejprve se RNA přemění na DNA. Poté začíná proces kopírování genů. Tepelný cyklovač zahřívá a ochlazuje směs se vzorkem, přičemž se střídají tři teploty – pro roztavení DNA pro oddělení dvou vláken, pro navázání primeru na DNA a pro syntézu nového vlákna – to vše v rámci jednoho cyklu, který trvá minuta. Tepelný cyklovač provede 30-40 takových cyklů, aby amplifikoval DNA a zkontroloval přítomnost viru.

Testování proti kontrolám

Amplifikovaná DNA je testována proti pozitivní kontrole, která se obvykle skládá z genů viru klonovaných do plazmidu, a negativní kontrole, což je „známý“ vzorek, který byl dříve testován na virus negativně.

RNáza P by měla vykazovat amplifikaci, pozitivní kontrola by měla být pozitivní, negativní kontrola by měla být negativní, a pak jakýkoli výsledek, který pro vzorek dostanete, je správný výsledek, řekl neurovirolog Dr. V Ravi. Aby byl test platný před zveřejněním výsledku, musí být splněna určitá „kritéria platnosti“.

Nenechte si ujít Explained | Jak funguje test na COVID-19

Pokud je housekeeping gen (RNáza P) pozitivní, pozitivní kontrola je pozitivní, negativní kontrola je negativní a vzorek nevykazuje žádný pozitivní výsledek PCR, je vzorek prohlášen za negativní na RNA viru SARS-CoV-2. Pokud je výsledek PCR pozitivní, pacient má COVID-19.

Sdílej Se Svými Přáteli: