Vysvětleno: Jaké jsou varianty Covid-19 v Indii a vysvětlují ten nárůst?

V Pandžábu bylo zjištěno, že více než 320 vzorků koronaviru má britskou linii. Vysvětluje to nedávný nárůst? A jak rozšířené jsou varianty z Jižní Afriky a Brazílie, kromě jiných v Indii?

V obchodním centru v Pune (Express Photo: Ashish Kale, File)

Bylo zjištěno, že má více než 320 vzorků koronaviru z Paňdžábu britská linie , odkaz na nový kmen viru, který se objevil ve Spojeném království v prosinci, s genetickými mutacemi, které umožnily jeho rychlejší šíření. Toto je dosud nejrozšířenější výskyt varianty ve Spojeném království v indické populaci a mohl by možná vysvětlit rychlý nárůst případů v Paňdžábu v posledních několika týdnech.

Zpravodaj| Kliknutím dostanete do své doručené pošty nejlepší vysvětlivky dne

Vládní prohlášení ve středu uvedlo, že dosud bylo zjištěno, že 736 vzorků z celé země má britskou linii. Kromě toho bylo zjištěno, že 34 vzorků mělo jihoafrickou linii a jeden měl brazilskou linii. Jihoafrická a brazilská varianta jsou dva další dominantní kmeny koronaviru, které cirkulují po celém světě. Genetické mutace v těchto dvou variantách zvyšují pravděpodobnost, že uniknou lidskému imunitnímu systému. Existuje proto obava, že současné vakcíny mohou být proti nim poměrně méně účinné, i když se to stále zkoumá.

Varianty v Indii

Britské, brazilské a jihoafrické varianty nejsou jediné, které v současné době kolují v indické populaci. Jako každý jiný organismus i koronavirus neustále mutuje, přičemž v každém replikačním cyklu dochází k určitým změnám v jeho genetické struktuře. Většina těchto mutací je bezvýznamná a nemění celkovou povahu ani chování koronaviru. Ale několik z nich, možná jeden z tisíce, může zavést důležité změny, které pomohou viru lépe se adaptovat nebo přežít.

Během této epidemie jsou bedlivě sledovány tři druhy změn – ty, které zvyšují schopnost viru se rychleji šířit, ty, které způsobují závažnější onemocnění u infikované osoby, a ty, které pomáhají viru uniknout imunitní reakci.

Takovými kmeny jsou britské, brazilské a jihoafrické varianty. Každý z nich má nyní své vlastní rodiny, což znamená, že v nich bylo mnoho následných mutací, ale původní definující mutace zůstala nedotčena. Tyto tři variantní rodiny nebo linie byly nalezeny v mnoha zemích a jsou zodpovědné hlavně za nárůst případů v Evropě a Brazílii.

Kromě nich v indické populaci koluje několik dalších variant, které mají vznikl lokálně i další, které si přivezli cestovatelé ze zahraničí. Ale žádná z nich nebyla klasifikována jako varianta obav.

Varianty COVID-19 zjištěné v Indii

Britská varianta Covid-19 a obavy

Vědci tvrdí, že žádná ze tří „variant vzbuzujících obavy“ – Spojené království, Brazílie nebo Jihoafrická republika – nemůže být spojena se současným nárůstem případů v Indii. Jejich míra prevalence v komunitě zatím není tak vysoká, aby jim mohl být přisuzován současný nárůst.

Dokonce i v Paňdžábu, kde se 80 % ze 400 analyzovaných vzorků ukázalo jako britská varianta, je příliš brzy obviňovat jej z mimořádného nárůstu případů v posledních několika týdnech. Výsledky sekvenování genomu byly nyní odhaleny a je třeba provést klinickou korelaci, aby bylo možné posoudit, zda jsou zodpovědné za nárůst případů.

Jak vědci zdůraznili, pokud jsou lidé infikovaní britským kmenem v Paňdžábu všichni cestovatelé nebo jejich přímí kontakty, pak lze jejich výskyty snadno vysvětlit a nejsou příliš znepokojující. Pokud však byla zjištěna i u lidí v širším okolí, pak hrozí její velmi rychlé rozšíření na ostatní. Znamenalo by to také, že postupy izolace a karantény, které se ve státě dodržují, zejména pro cestovatele, nebyly příliš přísně dodržovány.

Několik specifických mutací nalezených v kmeni Spojeného království, jako je jedna s názvem E484Q a další s názvem N440K, bylo pozorováno také v některých dalších variantách a tyto mutace kolují v indické populaci několik měsíců. V současné době neexistuje žádný důkaz, který by naznačoval, že by některý z nich mohl vést k druhému nárůstu nebo způsobit opětovnou infekci u pacientů.

K posouzení jejich dopadu na šíření nemoci v Indii je však zapotřebí mnohem podrobnějších vědeckých výzkumů.

Sekvenování genomu…

Indie má během epidemie druhý nejvyšší počet lidí nakažených koronavirem. Ale udělalo jen velmi málo genomových sekvencí různých variant v oběhu. Doposud provedla genovou analýzu 19 092 vzorků z celé země, uvádí se v prohlášení vlády v parlamentu minulý týden. To zahrnuje sekvenování 10 787 vzorků od doby, kdy vláda v prosinci zřídila INSACOG (Indické konsorcium pro genomiku SARS-CoV2) speciálně pro tento účel. Mnoho dalších zemí, včetně Spojených států a Číny, analyzovalo více než 100 000 genových sekvencí.

Studium genetických změn v organismu je důležitým vodítkem pro pochopení původu, přenosu a dopadu viru na pacienty. Stanoveným cílem INSACOG je sekvenovat vzorky alespoň z 5 % všech infikovaných případů prostřednictvím sítě deseti laboratoří. To teď vypadá na hodně náročný úkol. Indie dosud zaznamenala více než 1,17 milionu pozitivních případů. 19 092 vzorků, které byly dosud sekvenovány, tvoří pouze 0,16 % z tohoto počtu.

PŘIDEJ SE TEĎ :Express Explained Telegram Channel

...a proč to bylo pomalé

Jedním z hlavních důvodů pomalého tempa sekvenování genomu byl nedostatek finančních prostředků. Dosud nebyly pro INSACOG přiděleny žádné peníze, ačkoli úředníci uvedli, že schválení finančních prostředků se nyní očekává každým dnem. Laboratoře používají peníze ze svých vlastních ročních rozpočtů na sekvenování. Extrahování genové sekvence jednoho vzorku trvá 3 000 až 5 000 Rs. Náklady se týkají hlavně chemických činidel, která jsou v procesu potřebná.

Státy také proaktivně neposílají své vzorky do laboratoří k sekvenování. Maháráštra, která dosud zaznamenala více než 25 tisíc nakažených, poslala podle vládních údajů předložených v parlamentu pouze asi 2800 vzorků k sekvenování. To je jen asi 0,11 % všech případů. Největší počet vzorků k sekvenování poslala Kerala, asi 5200, ale Karnataka, která má srovnatelný počet případů, poslala pouze 137 vzorků. Taková nízká míra sekvenování genomu nemusí být statisticky významná pro vyvození závěrů o měnící se povaze a chování viru nebo při navrhování vhodných intervencí k omezení šíření epidemie.

Tento článek se poprvé objevil v tištěném vydání 25. března 2021 pod názvem ‚Cracking the virus kmen‘.

Sdílej Se Svými Přáteli: